”Se oli kymmenen vuotta sitten suljetun oven lukko, ja Mary työnsi käden taskuun, otti löytämänsä avaimen esiin ja totesi, että se mahtui reikään. Hän työnsi sen lukkoon ja käänsi sitä.”
Kymmenvuotias Mary Lennox jää orvoksi Intiassa, ja hänet lähetetään sukulaistensa luo Englantiin, syrjäiseen Misselthwaiten kartanoon. Kun Mary löytää tien salaiseen puutarhaan, jonne häntä on ehdottomasti kielletty menemästä, avautuu hänelle ja hänen uusille ystävilleen ihmeellinen maailma. Muuttumattomiksi kuvitellut asiat alkavat muuttua, ja ystävyys saa puutarhan kukoistamaan.